EM菌在水產養殖上主要有兩種使用方式：一是投入水中，可利用水中的硫化氫、有機酸、氨及氨基酸兼有反硝化作用消除水中的亞硝酸銨，能抑製病原微生物和有害物質，調整養殖生態環境，改善水質，保持養殖水體的生態平衡；二是拌餌投餵，可增強魚類的吸收功能和防病抗逆能力，促進健康生長。其主要應用有如下三種：
一、應用於池塘養魚
1、水質改良：在放養前3d，用EM菌100倍稀釋液潑灑水面。放養後，視水質情況，每10-15d使用1次，用量為2-3ml/m3。
2、拌飼投餵：由於魚飼料為顆粒狀，可用200倍的EM菌原液稀釋液噴灑餌料，噴濕為度，現配現餵，以免散開。
3、有機肥和糞便的處理：要投入水體的有機肥（青草液肥）和糞便應先用EM菌原液處理，發酵後方可投入水面。
4、預防浮頭：如出現魚浮頭和泛塘現象，可用EM菌原液稀釋液均勻潑灑水面，3-5h可好轉，魚恢復正常。此後可隔1-2d再潑1次。
二、應用於網箱養魚
用海綿等蜂窩狀的物體在EM菌原液的混合液（用1%的紅糖水溶液稀釋10倍左右）中浸泡24h，再懸掛在網箱中間，通過魚的遊動使EM菌原液不斷地擴散，EM菌原液懸掛物7d左右更換1次，可使網箱的水體環境完全改觀。
三、應用於特種水產養殖
1、環境處理：在池塘放水前1周，用100倍的EM菌稀釋液代替石灰等均勻噴灑塘底，凈化環境。放養前3d，用EM菌原液稀釋液潑灑水面，用量為5 ml/m3。以後每10-15d使用一次。水質較差時可適當加大用量或縮短間隔使用時間。
2、調節水質的方法（鰻池）：高密度換水的水池，不宜直接均勻潑入，而應潑在增氧機邊或進水口，使EM菌原液微生物不斷流動擴散。
3、魚飼料的加工：把EM菌原液加清水兌成100倍稀釋液後，與粉狀的飼料一起攪拌均勻，成團狀飼餵。
4、食臺處理：每次投飼前要檢查食臺，用200-500倍的EM菌原液稀釋液凈化食臺、清掃食臺殘飼。
5、水產品保鮮：每隔1-2d噴灑一次500倍的EM菌原液稀釋液，可有效延長水產品活鮮期。
四、註意事項
1、EM菌種發酵液不要與化學藥劑同時混用。若混用造成池水變臭，要立即換水，再按技術要求用EM菌種發酵液拌料投餵和稀釋液噴灑。
2、EM菌種發酵液飼料須保持新鮮，餵養時即配即餵，混合1 次餵1d，全部餵完，如有剩余應密封保存，防止變質。
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